Seine Diskografie umfasst u.a. sämtliche Clavierwerke von Thomas Tomkins (Cembalo, Virginal, Orgel; MDG), Süddeutsche Claviermusik um 1600 (Clavicytherium; Aeolus), Claviermusik von Luzzasco Luzzaschi und Ercole Pasquini (Cembalo; dhm/Sony), Claviersonaten von Georg Anton Benda (Clavichord; Aeolus), Orgelwerke von Johann Sebastian Bach (Teil der Gesamteinspielung an Orgeln Andreas und Johann Andreas Silbermanns; Aeolus) sowie Aufnahmen als Ensembleleiter und als Generalbassspieler. 

1999 gründete er gemeinsam mit Christoph Dittmar das Ensemble Cantus Thuringia & Capella, das durch zahlreiche Konzerte und Aufnahmen besonders mit mitteldeutschem Repertoire des 16. bis 18. Jahrhunderts sowie durch die Aufführung von Bühnenwerken in Verbindung mit historischer Schauspielkunst hervorgetreten ist. In diesem Zusammenhang initiierte er das Projekt MUSIKERBE THÜRINGEN, das das sich der Realisierung von Forschung, Aufführungen, CD-Aufnahmen und Editionen widmet.

Neben seiner Beschäftigung mit Alter Musik hat er mehrere Werke komponiert, die zum Teil beim Bärenreiter-Verlag (Reihe zeitgenössischer Musik) erschienen sind.

Seit 2024 ist er Künstlerischer Leiter der Internationalen Sommerkonzerte NACHTORGEL BEI KERZENSCHEIN an der bedeutenden Orgel von Gerhard von Holy (1711) in der St. Bartholomäuskirche Dornum (Ostfriesland).

Seine Lehrtätigkeit führte ihn an die Universität Dortmund, die Hochschulen für Musik Detmold und Herford sowie zu Meisterkursen und Gastvorträgen zur Aufführungspraxis in Europa und den USA. 1994 wurde er als Professor an die Hochschule für Musik FRANZ LISZT Weimar berufen. Er unterrichtet Cembalo / Historische Tasteninstrumente ebenfalls an der Hochschule für Künste Bremen.

Bernhard Klapprott studierte Cembalo bei Hugo Ruf und Bob van Asperen, Orgel bei Michael Schneider und Ewald Kooiman sowie in Meisterkursen Generalbass bei Jesper Christensen und Orgel bei Michael Radulescu. Er schloss sein Studium ab in Köln in Cembalo, Orgel und Kirchenmusik sowie in Amsterdam mit dem Konzertdiplom Cembalo mit Auszeichnung. 1991 wurde er mit dem 1. Preis beim 10. Internationalen Orgelwettbewerb (Bach/Mozart) des Festivals van Vlaanderen Brugge ausgezeichnet.